อมัยโลเพคทิน โครงสร้างของอมัยโลเพคทินมีพื้นฐานเหมือนกับอมัยโลสคือเป็นหน่วยของกลูโคส มาเชื่อมต่อกันด้วยพันธะแอลฟา 1,4 แต่แตกต่างจากอมัยโลสตรงที่มีหน่วยของกลูโคสประมาณร้อยละ 4-5 ที่ยึดกับกลุ่มไฮดรอกซิล และอีกหน่วยหนึ่งด้วยพันธะแอลฟา 1,6 ในลักษณะเป็นกิ่งหรือสาขา อมัยโลสเพคทินจะมีน้ำหนักโมเลกุลสูง และมีโครงสร้างเป็นกิ่ง หรือสาขา ทำให้มีความหนืดในโมเลกุลสูง ดังนั้นมันจึงสามารถเกิดลักษณะเหนียวข้นกว่า นอกจากนี้พบว่าอมัยโลเพคทินสามารถดูดซับไอโอดีนแล้วเกิดเป็นสารประกอบที่มีสีแดง